日本殖民台灣時期，前20年期間（1895-1915），台灣漢人住民以武力抵抗日本外來政權，大致可以分成三個階段。
第一個階段是以台灣民主國官軍與各地義軍為主的抗日活動，這一年的台灣抗日可稱之為「乙未戰爭」，因為從傷亡的人數來看，其慘烈並不下於前一年的清日「#甲午戰爭」。
第二個階段是台灣民主國瓦解後到1902年間，由台灣漢人住民自發的武力抗爭。
第三個階段則是從1907年北埔事件到1915年的礁吧哖事件等，發生在各地的密謀反日行動，這些事件對統治者造成一定的衝擊，對當地社會也有深遠的影響。其後，台灣漢人社會認清武力抗爭已無勝算，加上世界思潮傳播的影響，社會菁英轉而展開非武力抵抗的政治社會運動。
▌抗日三猛：簡大獅、柯鐵虎、林少貓
有關台灣民主國瓦解後的第二階段抗日，大致都是地方豪強據地稱雄的抵抗模式，較大的勢力被稱為「#抗日三猛」，亦即，北部的簡大獅、中部的柯鐵虎、南部的林少貓。
這些抗日勢力雖有部分效忠清國朝廷的意識，但更主要的應該是基於保衛鄉土的情感。各地方抗日勢力侷限於一處，大致是以個人或小團體的利益取向為主。因此，當自認情勢較為不利時，就很容易與統治者妥協。
這些被迫歸順者，不論是否得到善終，其勢力最後都被瓦解於無形。相對地，民政長官後藤新平可以說是這些武裝勢力的剋星，他上任之後，恩威並施的手法，最後也大致達成其消滅各地抗日游擊武力之目標。
北部的簡大獅是在1895年12月在台北附近起事，他會招募義軍千餘人，轉戰於淡水、關渡、士林等地，而後退居金包里（金山）一帶，會與林李成、陳秋菊、詹振、胡阿錦等人攻擊台北城，日人死傷300餘人。
1898年，簡大獅一度宣佈「歸順」，但不久又繼續抗日，日方展開圍捕後，逃往廈門再遷居同安，但不久被清國官員逮捕。雖然他宣稱其抗日爲效忠清廷之表現，但最後他還是被清國引渡給日本政府，並於1900年3月22日遭到處決。
中部的柯鐵虎（1874-1900），原名柯虎，1896年6月中，以大平頂（雲林與彰化交界處）為根據地，並改名為「#鐵國山」，聚集眾人組成抗日隊伍，而後方進行招降並調集軍隊展開攻勢，在鐵國山被攻陷後，柯鐵虎退入密林，並聯合附近抗勢力，持續攻擊駐軍與警察隊。
1897年，兒玉總督派遣辜顯榮勸降，他提出十項保障自己權益的和談要求，日方也爽快地答應了，而且，在舉行「歸順式」後一年間，雙方也確實是相安無事。但是，到了1899年底，日方卻認定柯鐵虎意圖造反，竟然發動攻擊，這應該是日方意圖消滅其勢力的藉口。此時，柯鐵虎雖起來應戰，但不幸在1900年初感染重病，並於2月9日病逝。
這段時期抗日活動中，南部以林少貓（1865-1902）爲首的隊伍是最具表性的一股武裝勢力。1896年底，林少貓之武裝部隊突襲當地望族陳中和的和興公司，搶奪其屯積的物資。而後，在抗日武力的威脅下，地方士紳接受到日方的引導，開始進行招安林少貓之工作。
經各方努力斡旋，1899年林少貓向日方提出十項議和要求，在獲得回應後，公開出面接受招撫。藉由這次議和的條件，他確保了部分自己原有的勢力範圍。然而，這項約定只是一項騙局，經過一段時間的準備，日方還是以意圖謀反的理由，在1902年2月派兵捕殺林少貓。
▌雲林大屠殺與紅白花事件
1896年6月，日本政府將雲林劃爲台中縣管轄，並派兵到斗六街（日方稱爲雲林支廳）駐防，引爆柯鐵虎於6月10日率六百名義民突襲斗六街日人商社的事件。6月14日，簡義祭告天地，自立政權並率眾下山攻擊雲林支廳，造成駐守日軍多人死傷。簡義與柯鐵虎等人的抗日行動也引發日軍隨後的報復性屠殺。
日本政府爲了報復抗日行動，於6月20日到23日集結大軍，在雲林一帶進行無差別的大屠殺，日軍當時見人就殺，即使婦女與幼兒也不放過，並任意將村庄指爲匪窖而四處焚屋，造成五十六處村莊遭焚燬，五千戶民房遭縱火，尤以斗六街及石龜溪庄死傷最爲慘重。日軍此一屠殺事件也稱爲「#雲林大屠殺」，因此造成數千人死亡。
日本政府此一殘酷屠殺行爲，經西洋傳教士投書國際媒體，也引發國際社會的撻伐。日軍的報復屠殺讓雲林一帶的抗日勢力更爲壯大，開啟了長達三年的游擊戰事，隨後日方也開始了強勢攻佔與懷柔招順的兩手策略，不久後，簡義就在辜顯榮的勸降下對日本投降。
1902年，雲林一帶的反抗軍在當地仕紳的遊說以及日方提出的協議下，接受了招降，而台灣總督府也決定在5月25日，於雲林地區的六處支廳與派出所舉辦反抗軍的招降典禮。但事實上，這只是要在典禮結束之後，將降軍殺害的設局而已。歸順式當天，日方不但要求降軍不得攜帶武器，並要他們別上白花，而日本官員們則別上紅花，作為目標的識別。
典禮結束後，早已埋伏的日軍便以機槍掃射，將降軍盡數殺害，這個事件也被稱作「#紅白花事件」，共計造成265人死亡；此外，原先協助進行遊說的仕紳們，後來也遭到日方以「通諜」的罪名逮補，並且予以處死。
最終，除了不信任日本人的招降，因而提早離開的簡水壽幸免於難之外，無論是接受招降的人，或者是勸降的人，都沒有人能夠從槍口下逃離。此事件之後，雲林地區對日的反抗勢力幾乎全數被殲滅，只有少數人四處藏匿走避，甚至最後靠著偷渡離開台灣。
▌後藤新平的兩手策略
整體而言，後藤新平是以警察為維持治安之主力，並採行後述的保甲制度控制各地民眾，同時對反抗者以「招降與誘殺」並用的手法，逐一消滅各地武裝勢力。這些武裝抗日勢力無法統整，又得不到外援，除了極少數還得以善終之外，最後全都難逃被消滅的命運。
根據研究者估計，1895年台灣抗日的「#乙未戰爭」，台灣方面死亡者大約是14,000人，這是估計一年之間的死者人數，而後幾年間武裝抗日犧牲者也將近這樣的人數。如果將這兩者相加，再納入能被官方低估的死者，到1902年間武裝抗日犧牲者，應該超過三萬人，而當時台灣的人口將近300萬人。
由此可見，對於異民族的入侵，台灣漢人住民不僅展開激烈的武力抗爭，同時也付出了非常慘烈的代價。而且，以上三階段的武力抗日，並未納入原住民抵抗的事蹟及其受害情況。面對漢人與原住民的激烈抗爭，當然也迫使日本必須以戰戰兢兢的心情，展開其第一個海外殖民地的統治與經營。
編纂：林志鴻（新台灣和平基金會專員）