二二八事件從台北逐漸擴及各縣市，高雄民眾起義反抗中華民國暴政統治，國民黨軍隊高雄要塞司令彭孟緝，假意與「高雄市二二八事件處理委員會」協商會談，私下調動軍隊佔據交通要點，於1947年3月6日發動血腥鎮壓。
當時高雄地區民眾、學生響應抗暴，發生多起圍攻警察局、憲兵隊、軍營倉庫的起義事件，國民黨軍隊自3月4日起，開始射殺民眾、砲轟市區。
為了防止流血事件持續擴大，以市長黃仲圖等為首的「高雄市二二八事件處理委員會」，與時任高雄要塞司令的彭孟緝進行交涉，希望協商擬定和平處理方案，要求軍隊禁止射擊或威脅民眾。
處理委員會推派黃仲圖（高雄市市長）、彭清靠（高雄市參議會議長）、涂光明、曾鳳鳴、林界共五人作為代表，前往高雄要塞司令部所在地──壽山，與司令彭孟緝面談。高雄處理委員會其他成員與地方仕紳，繼續在市政府大禮堂集會，數百位焦慮的民眾聚集在大禮堂外，等待協商結果。
沒想到，彭孟緝答應協商是為了拖延時間，暗地調動軍隊，準備趁民眾聚集時發動突襲。
3月6日上午10點，彭孟緝與處理委員會代表會談，在協商過程中，彭誣陷涂光明意圖掏槍行刺，下令將市長、議長以外的其他三名代表立即槍決；黃、彭兩位地方重要領袖雖倖免於難，但是遭到國民黨軍隊關押，淪為人質。
日後，彭孟緝面對屠殺人民的指責，竟然無恥宣稱，是黃仲圖市長請求他出兵平亂。
協商破局後，彭孟緝下令部隊開出營區，全面掃蕩高雄市區，並且以高雄市政府、火車站及高雄中學三地作為主要攻擊目標。
國民黨軍隊沿途見人就殺，據倖存民眾回憶，就算跳入愛河或躲到橋下，仍然遭國民黨軍隊開槍射擊，愛河到處都是屍體，河水變成紅色。
當軍隊抵達高雄市政府後，立即圍攻正在開會的地方仕紳領袖，包括南台灣漁業鉅子王石定、律師陳金能、台灣工運先驅黃賜、高雄市議員許秋粽等人當場身亡，大禮堂外的民眾慘遭機關槍掃射，逃入市政府躲避的民眾被國民黨軍隊追捕、射殺。
國民黨軍隊也在高雄火車站周邊濫殺無辜。由於火車站本來就是交通要地，往來者眾多，許多民眾只是路過便慘遭士兵開槍射擊，有倖存者目睹，士兵以刺刀屠殺揹著嬰兒的婦女，家屬兩天後才敢去收屍。
國民黨軍隊在高雄連續幾天的殘酷暴行，引發「雄中自衛隊」起義抵抗，因此，高雄中學也被列為攻擊重點，國民黨出動火砲射擊校舍。
據估計，國民黨軍隊屠殺行動造成數千人死傷，高雄成為二二八事件發生後的重災區。
主導高雄大屠殺的彭孟緝，被台灣民間冠上「高雄屠夫」惡名，但彭本人對血腥鎮壓感到非常自豪，將屠殺民眾當作「剿匪戰果」，上報蔣中正。
後來彭孟緝獲得蔣中正提拔重用，平步青雲，官至陸軍一級上將。在白色恐怖時期，彭繼續主導各種濫捕濫殺，是蔣式政權在台灣最殘酷的鷹犬。
從目前公開的檔案資料顯示，以台灣行政公署長官陳儀、警備總部參謀長柯遠芬為首的國民黨軍政大員，面對台灣民眾起義抗暴，採取「假意和談，預謀屠殺」的鎮壓手法，全台各地陸續發生類似高雄的血腥慘案。
1947年3月6日，高雄大屠殺揭開國民黨全台殺戮的序幕，蔣中正派往台灣的鎮壓部隊，即將登陸基隆。