1991年5月1日公布廢除《動員戡亂時期臨時條款》、5月22日公布廢除《懲治叛亂條例》、6月3日公布廢除《戡亂時期檢肅匪諜條例》，至此三大惡法都廢除了。
但1991年5月9日發生的「獨台會案」，並沒有隨著三大惡法廢除而結束。一直到隔年1992年5月15日，立法院三讀通過《刑法》100條修正案後，因為刪除陰謀叛亂罪的處罰，「獨台會案」發回更審，7月27日全案改判免訴，至此「獨台會案」所引發的連鎖效應才暫告落幕。
▌調查局公然派員闖入清華大學
1991年5月9日，法務部調查局派幹員闖入清華大學校園，逮捕歷史研究所學生廖偉程。同日校外人士陳正然（台大碩士畢業生、後來的蕃薯藤創辦人）、王秀惠（社運參與者）、林銀福（傳道士）等四人也遭逮捕。
他們被指控加入旅日台獨運動家史明所資助的「獨立台灣會」，閱讀「台灣人四百年史」並協助製作、散發文宣，因而被調查局盯上。隨後，負責張貼文宣的安正光也於5月11日遭到逮捕，這五人可能被以違反《懲治叛亂條例》二條一的重罪求處死刑。
▌抗議群眾集結於中正廟與台北車站
此次獨台會逮捕行動立刻激發社會強烈反彈，大學各社團的串聯抗議活動如火如荼，這個時候，一年前（1990）3月才發生過野百合學生運動，社會已經蓄積非常高的動能。學生們決定於5月12日重返中正廟前的廣場抗議，約百餘名抗議者，雖然當天就立刻被保警與憲兵所驅離並強制開車載走、丟包，但是卻因此引發更大規模的台北車站佔領行動。
5月13日，為了聲援獨台會案，清華大學學生代表宣布「清大今日起將全面罷課，以示抗議」，28位清大教授也於下午提出「學術自由、思想無罪」的停課運動。5月15日，來自全台灣各地的學生、教授與社運團體佔領台北車站大廳，向往來旅客表達「廢除叛亂惡法、要求釋放無辜、反對政治迫害、尊重學術自由」等四大主張。最後，抗議群眾佔領北車長達六天五夜。
5月17日，由於中國國民黨承受巨大群眾壓力，立法院三讀通過廢除《懲治叛亂條例》（立法院通過到公布有時差），廖偉程等人獲得交保釋放。5月20日，「知識界反政治迫害聯盟」發起全民「反白色恐怖及政治迫害」大遊行，廖偉程、王秀惠、林銀福、陳正然舉著「台灣人民有權決定台灣前途」，一起參加萬人大遊行，此時抗議群眾才撤離台北車站。
▌全案從叛亂罪改以內亂罪起訴
雖然《懲治叛亂條例》已廢止，但是全案仍改以《刑法》100條第二項的預備內亂罪起訴判刑。刑法100條規定：「意圖破壞國體，竊據國土，或以非法之方法變更國憲， 顛覆政府，而著手實行者處7年以上有期徒刑，首謀者處無期徒刑。預備或陰謀犯前項之罪者，處6月以上、5年以下有期徒刑。」
1991年12月3日，台灣高等法院依《刑法》100條第二項判決：廖偉程無罪，安正光有期徒刑10個月緩刑3年，陳正然、王秀惠與林銀福各依預備內亂罪嫌判處3年至1年6個月。歷史學者周婉窈強調，《刑法》是中華民國在1935年訂定的法律，那時候台灣是日本在統治，而且ROC還在「訓政」，這樣的法律就直接搬來台灣到當時一直沒修改。
▌獨台會案的影響
後來，廢除《刑法》100條的群眾行動也接續展開。直到隔年1992年5月15日，立法院三讀通過《刑法》100條修正案後，因為刪除陰謀叛亂罪的處罰，「獨台會案」發回更審，7月27日，由於廖偉程等人的行為沒有違反修正後的第100條，全案改判免訴，至此「獨台會案」所引發的連鎖效應才暫告落幕。
「獨台會案」促使《懲治叛亂條例》被立院三讀廢除，而《刑法》100條修正案也在隔年得以通過，對於台灣民主可謂影響深遠。
▌紀錄片：末代叛亂犯
《末代叛亂犯》是由四位清大學生拍攝及製作的紀錄片，透過口述歷史及文獻爬梳的方式，重現1991年曾轟動一時的「獨台會案」事件發展及後續。
本片側重討論兩位被遺忘的當事者，參與農民運動的基層女性運動者王秀惠，以及原住民運動者Masao Nikar，他們的身分幽微地透露出社運中常被隱藏的兩大群體，女性及原住民，他們除了在國家體制中沒有發言權外，在運動倡議裡也經常被人忽略。
獨台會案當事者王秀惠說，「也許我離經叛道，台灣的女人是不應抽煙喝酒又與人爭辯的，在長期被壓抑的父權社會中，離婚的女人應該表現得更有傳統婦道，可是我從不刻意去自我約束，喜歡和同志們勾肩搭背大聲說笑，這些完全不存惡意，希望親愛的朋友能夠諒解我。」
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編纂：林志鴻（新台灣和平基金會專員）