1988年12月10日，鄭南榕在世界人權日這天，於《自由時代周刊》上刊登了許世楷所草擬的「台灣共和國憲法草案」，因此遭國民黨控制的檢調專案小組給鎖定。
1989年1月21日，鄭南榕接到了一張由中華民國高等法院檢察署簽發的「涉嫌叛亂罪」傳票，他始終堅持百分之百言論自由理念，無法容忍刊登文章的新聞自由遭受如此打壓，認爲中華民國政府的作爲是對知識分子極大汙辱。
1月26日，鄭南榕表示，由於不滿國民黨的誣衊，他將行使抵抗權、拒絕出庭應訊，聲明司法機關必須到雜誌社才能夠將其拘捕並送至法庭，誓言「國民黨只能捉到我的屍體，不能捉到我的人。」，隨後他便展開自囚於雜誌社總編輯室的行動，在桌下擺放三桶汽油，用膠帶黏著一只綠色的打火機，並在雜誌社內外構築工事，由各地前來支援的義工日夜駐守，防範軍警強行拘提。
4月7日清晨，也是鄭南榕自囚的第71天，國民黨重兵壓境，軍警荷槍實彈、重重包圍，強行攻打雜誌社，侯友宜負責帶隊攻堅。鄭南榕反身進入總編輯室將房間反鎖後，熾烈熱火猛然冒起，為堅持的自由思想而殉道。
鄭南榕在訪問稿「獨立，是台灣的唯一活路：鄭南榕談台灣新憲法涉嫌叛亂案」中指出：「台灣人與從中國來的人們之間有難於解決的遺恨。但是，無論如何此遺恨非化解不可。若不建立台灣國，台灣無法達成眞正的民主化。台灣須以一個獨立國家獲得世界各國的承認。必須依據公民投票決定台灣的獨立。」
（圖／鄭南榕基金會‧紀念館）